Se han firmado acuerdos o convenios con distintas instituciones para proyectos especializados en distintos temas, donde se van incorporando los fondos correspondientes de la Biblioteca:
- PhiloBiblon, proyecto de la Universidad de Berkeley que recoge, comenta y compara los manuscritos antiguos de nuestra colección. Esta base de datos bio-bibliográfica sobre textos romances escritos en la Península Ibérica en la Edad Media y temprano Renacimiento consta de cuatro bibliografías distintas:
- Estoria de España, edición digital del códice de Alfonso X el Sabio por la Universidad de Birmingham, bajo la dirección del profesor Aengus Ward.
- Cancionero Virtual, proyecto de la Universidad de Liverpool dirigido por Dorothy Sherma con Fiona Maguire y Manuel Moreno. Recoge las canciones manuscritas del siglo XV.
- Relaciones de sucesos, proyecto de la Universidad de La Coruña dirigido por Sagrario López Pozas. Recoge las relaciones de los siglos XVI-XVIII en la Península Ibérica.
- Dialogyca BDDH, Biblioteca Digital de Diálogo Hispánico, proyecto de la Universidad Complutense de Madrid dirigido por Consolación Baranda, Mercedes Fernández Valladares y Ana Vian.
- Los Papeles del Virrey del Perú, Joaquín de la Pezuela proyecto con la Biblioteca Nacional de Bogotá y otros países hispanos.
- Proyecto Boscán de traducción de obras italianas.
- Biblioteca de Menéndez Pelayo. Fondo.Teatro antiguo español. proyecto con la Fundación Biblioteca Virtual Miguel de Cervantes, con motivo del Centenario de la muerte de Menéndez Pelayo e integrado en el proyecto Teatro del Siglo de Oro, dirigido por el profesor Germán Vega.
- Aportaciones de la Biblioteca de Menéndez Pelayo mediante textos de su fondo en los siguientes proyectos:
- Los fondos de Jovellanos, por un convenio con la Universidad de Oviedo y el Instituto de Jovellanos.
- SEMYR (Seminario de Estudios Medievales y Renacentistas) de la Universidad de Salamanca.
- Los distintos proyectos digitales de los quevedistas de toda España.
- Alonso de Cartagena, Obras completas, por un convenio con el Instituto de Estudios Medievales y Renacentistas de la Universidad de Salamanca (IEMYR).