Evolución
La Biblioteca está formada por la extraordinaria colección de libros que don Marcelino atesoró a lo largo de su vida. En 1868, con tan solo doce años elabora un inventario en el que detalla los veinte títulos en varios volúmenes, escritos en castellano, latín y francés, que en esos momentos posee y que ya indican su tendencia a la humanidades. Esta Primera Biblioteca se aloja en las baldas del aparador de su madre disputándose con ella el espacio. Cuando esta situación se hace insostenible, su padre le cede un espacio en la librería de su despacho que pronto quedaría desbordado.
La búsqueda y adquisición de nuevos ejemplares siguió siendo constante en Menéndez Pelayo. Cuando estudiaba en Barcelona recorría con asiduidad las librerías y sus compras llegaban a Santander en paquetes de correo y cajones facturados por ferrocarril o barco. Desbordada la casa por tanto envío, su padre mandará construir una nueva librería con tres cuerpos, destinando dos de ellos a los de su hijo, como le cuenta en una carta que le envía en 1872. En ella le indica que calcula que le podrán caber unos 2.000 volúmenes en lo que será su Segunda Biblioteca.
Pero la colección continúa creciendo, esta vez en su nueva casa de la calle Gravina en el barrio de La Florida. Así surge por el año 1877 la Tercera Biblioteca de don Marcelino, pues su padre le destina la estancia central, con ventanas apuntadas y con balcón al jardín del último piso. Sus paredes se cubren con largas estanterías, de buena madera, hasta el techo previendo que cobijen las nuevas adquisiciones. Esta primera Biblioteca independiente queda rebasada cuando los volúmenes sobrepasan los 7.000 títulos. Es en ese momento cuando decide construirse en el jardín, delante de la casa, un pabellón independiente para biblioteca. La Cuarta Biblioteca será un edificio sencillo, de una sola nave, sin sótano ni luz cenital, proyectado por el arquitecto Bartolomé P. Cortés y construido en 1884.
En noviembre de este año, ya le comenta a Laverde que en el jardín de su casa de Santander: he hecho un pabellon para Biblioteca, capaz no sólo de los ocho mil volúmenes que tengo ahora, sinó de 25 ó 30.000, si llega el caso. La obra ha quedado muy á mi gusto, y es una novedad en España. En otra carta a Laverde, de julio de 1885, le escribe que ya tiene colocados todos sus libros, que son alrededor de 8.000 volúmenes, en este nuevo pabellón donde hay todo el fresco y todo el reposo necesarios para trabajar.
Pasados ocho años y ante el desmedido aumento de la colección bibliográfica, el pabellón necesita crecer y es cuando se plantea la Quinta Biblioteca. En 1892, el arquitecto Atilano Rodríguez diseña la reforma que conlleva la ampliación y ensanche, disponiendo una configuración en tres naves alargadas dispuestas de Este a Oeste, siendo la central más alta que las otras dos. Un edificio modesto y austero, con sótano grande y amplios ventanales y ojos de buey a los lados, cuyo perímetro se mantiene en la actualidad. En ella don Marcelino pasará, hasta su muerte, gran parte de su tiempo cuando regresa a su hogar.
En 1912, Menéndez Pelayo lega su colección bibliográfica y documental y el edificio que la alberga al Ayuntamiento de Santander, que, tras aceptarlo, decide como reconocimiento a tanta generosidad restaurar el edificio antes de abrirlo al público. Un trabajo que se encomienda al arquitecto montañés Leonardo Rucabado, para quien este encargo supone una de sus obras más apreciadas. El proyecto comenzado en 1915, respeta el perímetro y la distribución original, incluyendo la doble galería de la Sala de Lectura y los huecos de la fachada principal. Rucabado, como homenaje a los gustos del polígrafo reflejados en sus ideas estéticas, dio al edificio un estilo historicista de influencia barroca y herreriana. En el verano de 1917 se coloca la primera piedra para la realización de este proyecto, en un acto presidido por el rey Alfonso XIII. También el rey con la Infanta Mª. Paz asistirá a la inauguración del edificio totalmente restaurado en agosto de 1923. Se alargó tanto la obra a causa del fallecimiento de Leonardo Rucabado en 1918 víctima de la gripe española.
Alrededor de la recién restaurada Biblioteca de Menéndez Pelayo, se fue concibiendo, por parte del Ayuntamiento y de la Diputación Provincial de Santander, la instalación de las demás instituciones culturales del entorno.
Al cumplirse el Centenario de la actuación de Rucabado y tras los estudios previos realizados por el Instituto del Patrimonio Cultural de España (IPCE) del Ministerio de Cultura, la Biblioteca vuelve a someterse a una rehabilitación integral mediante un proyecto redactado a petición del Ayuntamiento de Santander a cargo de los arquitectos Tomás Gruber y José Luis Salcines. Esta actuación se enmarca en el Programa de Rehabilitación del Patrimonio Arquitectónico financiado por el Ministerio de Fomento.
Testamento de Marcelino Menéndez Pelayo
Menéndez Pelayo otorga su testamento el siete de abril de 1912, un mes antes de su muerte. La mayor parte de sus cláusulas se refieren a la regulación de su legado, único patrimonio que poseía, al Ayuntamiento de Santander. Este patrimonio era su tesoro bibliográfico junto con el edificio construido para albergarlo. Este legado es la Biblioteca de Menéndez Pelayo.