Como afirma el que fuera su director, Manuel Revuelta, ésta biblioteca no es únicamente una herramienta de trabajo para las investigaciones de don Marcelino, sino que se convirtió también en un importante foco científico único en su ciudad natal. Por ello, y para que perdurase como institución, la lega a un organismo público y oficial, al Ayuntamiento de Santander y establece que su director debe ser un bibliotecario del Cuerpo Facultativo de Archiveros, Bibliotecarios y Arqueólogos del Ministerio de Cultura. El Ayuntamiento santanderino aceptó el legado en la sesión plena de 29 de mayo de 1912.
Como agradecimiento a tan generoso legado, tras un largo debate que trasciende en la prensa, se decide que el mejor homenaje al polígrafo será acondicionar su biblioteca antes de abrirla al público colocando ante su portada principal una estatua sedente de Menéndez Pelayo. Para ello se convocó a una suscripción pública iniciada por el Ayuntamiento de Santander con una aportación de 50.000 pesetas y continuada por las Cortes del Reino, la Diputación Provincial de Santander (hoy Cantabria), numerosos Ayuntamientos de la provincia y otras muchas instituciones y particulares de toda España y de América, principalmente de Argentina y México.
La obra se confió al arquitecto castreño Leonardo Rucabado, cuyo proyecto respeta el perímetro y la distribución anterior, además del austero despacho de Menéndez Pelayo. Él mismo pensó en Mariano Benlliure para la realización de la bella estatua de don Marcelino.
La fachada principal de piedra arenisca, al parecer de una cantera de Cueto, respeta los vanos del edificio de 1892, pero se engrandece con una doble escalinata y un escudo de la ciudad de Santander.
En acertadas palabras del mismo director:
Rucabado dio al edificio la sobria elegancia de su personal estilo historicista en su versión montañesa, con predominante confluencia del barroco y herreriano, y especiales motivos renacentistas y clásicos, con los que quiso honrar las predilecciones estéticas de Menéndez Pelayo. La sala de lectura, y sobre todo la bella y equilibrada fachada, destaca con su fisonomía propia y única dentro de la ciudad de Santander.
La planta principal es un rectángulo que rehabilita la original de unos 300 m2 útiles repartidos en tres naves alargadas de Este a Oeste. En la central, de mayor altura que las otras dos, se ubica la Sala de Lectura. Su iluminación natural se consigue cenitalmente por medio de una imponente vidriera adornada en su centro con el escudo del águila bicéfala del emperador Carlos V y en sus esquinas los escudos correspondientes a las Cuatro Villas de la Costa de Cantabria (San Vicente de la Barquera, Santander, Laredo y Castro Urdiales). En los laterales que dan al Este y Oeste los antiguos ventanales de tiempos de don Marcelino son sustituidos por sendas vidrieras adornadas, una con los escudos de las universidades donde estudió en Barcelona y Madrid y la otra con dos de las universidades más antiguas de España, Salamanca y Alcalá. Una soberbia y clásica estantería de roble recorre las paredes laterales. Otras estanterías se disponen en la nave norte con salida a la calle Gravina, dividida en tres despachos y un pasillo que conduce a las escaleras que llevan a la planta baja. En la nave sur, se sitúa en el centro, el vestíbulo principal con dos grandes cuerpos de librería a juego con los de las de la Sala de Lectura, y en sus extremos dos despachos, el de Menéndez Pelayo (que se mantiene como en vida de él) y el del Director.
La previsión era inaugurar la Biblioteca en agosto de 1919 pero se retrasó por dos motivos:
- el inesperado fallecimiento de Rucabado en 1918 por la gripe española.
- el remate del conjunto con el edificio encargado posteriormente por el Ayuntamiento de Santander para albergar la biblioteca municipal en el terreno contiguo, con salida a la calle Rubio, que perteneció a Menéndez Pelayo por herencia de su madre.
Finalmente la inauguración del edificio de Rucabado y la escultura de Benlliure fue el 23 de agosto de 1923. La ceremonia contó con la presencia del rey Alfonso XIII y de las primeras autoridades del Reino.
Con motivo de los actos del Centenario del nacimiento de Menéndez Pelayo, en 1956, el entonces director de la Biblioteca, Enrique Sánchez Reyes habilitó la sala de actos, más conocida como Cátedra de Menéndez Pelayo, en lo que fuera depósito de libros debajo de la sala de lectura. La Cátedra es una integrada y hermosa sala que recoge toda una simbología relacionada con el ilustre polígrafo y evoca los paraninfos de las antiguas universidades. Los bancos, en terciopelo rojo con escudos bordados, son reproducción de los del siglo XV de la Capilla de la Universidad de Salamanca.
La Biblioteca fue declarada Monumento Histórico Artístico (hoy BIC) en el año 1982.
